Durant un experiment rutinari, Kenichi Nakamura, un jove investigador científic superdotat, detecta una pertorbació més enllà de la llum visible per l'ull humà. Ben aviat descobreix que es tracta dels Invizimals, uns éssers únics, molt poderosos i fets d'energia que han viscut entre el nostre món i la seva pròpia dimensió des de la prehistòria. En els seus viatges, en Kenichi va establint contacte amb els invizimals (accedint al seu món a través dels portals interdimensionals) i, ràpidament, esbrina que la major part de les cultures antigues de la Terra també establiren relacions amb aquestes curioses criatures al llarg dels segles. Fruit d'això, van sorgir els mites, llegendes i contes de faunes, dracs, esperits o fantasmes que han arribat a nosaltres a través de la Història.
Col·laborant amb els invizimals i amb l'ajuda de la seva amiga Jasmin i del vell professor Dawson, en Keni comença a establir diverses línies d'investigació científica i de desenvolupament tecnològic, completament innovadors i pioners, a partir d'aquesta font d'energia inesgotable i no contaminant.